КАК ПОЛЬЗОВАТЬСЯ онлайн-сервисом КСИТЕСТ

Если вы следили за нашим блогом, то помните героя предыдущих статей — зоотехника-селекционера Петра. Он уже подготовился к генетическому тесту КРС, собрал и отправил пробы на генотипирование. Теперь пора двигаться дальше — к самим результатам и тому, как ими пользоваться.

На предыдущем этапе мы получили результаты генетического теста, оценили всех животных в хозяйстве по методу ss-gBLUP и проанализировали результат. Чтобы селекционер Пётр быстро оценил общую ситуацию в стаде, мы оформим и представим полученные результаты в виде презентации.

На презентации мы покажем генетический профиль стада и распределение оценок:

• экономический индекс;
• удой;
• общий белок и жир в килограммах;
• содержание белка и жира в процентах;
• продуктивное долголетие;
• межотёльный интервал;
• фертильность молодняка;
• фертильность коров.

Мы спросим у селекционера, какие цели он преследует, и составим подходящий селекционный план, узнаем, на какие показатели стоит обратить внимание.

Например, может оказаться, что Пётр выбирал быков по зарубежному индексу. Некоторые быки действительно дали прирост, но один бык оказался в условиях местного стада неподходящим и снизил у потомков потенциал по долголетию и удою.

После презентации мы передадим Петру логин и пароль от личного кабинета на сайте сервиса и обучим работе с сервисом. Покажем, как выглядит общий список, карточки отдельных животных и страница аналитики.

Первое, что Пётр видит, войдя в личный кабинет сервиса, — это общий список животных в стаде. В списке находятся очищенные и уточнённые данные по всем живым и выбывшим животным, которые были в СЕЛЭКСе или другой базе данных.

Список животных оформлен в виде таблицы. Каждый столбец соответствует определённому признаку, начиная с ID животного и заканчивая датой генотипирования.

Список можно настроить, добавляя и убирая столбцы. Для этого нужно нажать на кнопку «|||» в верхней правой части экрана и отметить галочкой интересующие признаки. Изменения сохранятся и на компьютере, и в мобильной версии.

Животных в списке можно отсортировать по определённому признаку. Для этого в верхней левой части экрана есть фильтры.

Полезно заранее заготовить фильтр, который понадобится в работе, а потом постоянно им пользоваться. Это делается в три шага:

1) выбрать значение фильтра;
2) нажать на кнопку «Сохранить фильтр»;
3) придумать название фильтра.

С помощью фильтров легко формировать группы животных под конкретные цели: племенное ядро, селекционная группа, зообрак, племпродажа, молодняк под сексированное семя, коровы под сексированное семя, эмбриотрансфер, реципиенты.

После этого достаточно выбрать фильтр в «Сохранённых», и он применится автоматически. Заранее созданный фильтр помогает найти группу животных буквально в два клика. Если понадобится помощь с фильтрами, мы обязательно подскажем.

Список животных или его часть можно выгрузить, откорректировать и распечатать. Это пригодится, чтобы отдать список осеменатору или ветеринарному врачу, который делает осмотр, провести визуальную оценку животных или сделать закрепление. У сервиса так же есть мобильная версия, которой можно пользоваться, когда нет доступа к компьютеру. Например, когда вы находитесь на ферме и нужно посмотреть какую-то информацию по животному.

Здесь же выгружается подтверждение родства и генетические паспорта животных — все сразу или по определённым группам, например, по всем животным на продажу (после применения фильтра).

Если нажать на строку животного в общем списке, можно перейти в карточку отдельного животного, то есть в его генетический паспорт. Карточка состоит из общей информации и нескольких вкладок.

Если родство животного подтверждено, напротив номера родителя появится зелёный значок ДНК.

В этой вкладке показано распределение оценок животного относительно среднего показателя в российской популяции. Диаграмма наглядно показывает преимущества и недостатки каждого животного в стаде.

Если животное лучше среднего, соответствующая строка в диаграмме будет окрашена зелёным цветом, если хуже — оранжевым. В столбце слева указаны точные данные по каждой оценке. По каждому признаку будет отдельно указан ранг и базис животного в российской популяции (например, «Входит в 10% лучших»).

В этой вкладке находится всё, что мы можем определить по генотипу относительно здоровья животного. Указано, является ли животное носителем заболевания, патологии развития или летального гаплотипа. По каждой патологии указан генотип, каузативный аллель (вариант гена, приводящий к вредной мутации), тип наследования и статус животного — здоровое или носитель.

Чтобы быстро понять, что означает та или иная патология, можно навести мышку на её название — появится краткая подсказка с пояснением. А если нужно больше информации, у нас есть библиотека знаний для клиентов.

Наш базовый тест для коров и тёлок включает такие заболевания и патологии:

• Аксонопатия (AX);
• Голштинский гаплотип 1 (HH1);
• Голштинский гаплотип 3 (HH3);
• Голштинский гаплотип 4 (HH4);
• Голштинский гаплотип 5 (HH5);
• Голштинский гаплотип 6 (HH6);
• Голштинский гаплотип 7 (HH7);
• Холестериновая недостаточность (HCD)
• Гипотрихоз, ген ERCC6L (HY_ERCC6L);
• Гипотрихоз, ген TSR2 (HY_TSR2);
• Дефицит адгезии лейкоцитов (BLAD);
• Дефицит уридинмонофосфатсинтетазы (DUMPS);
• Синдактилия (MF_NG1621KC);
• Цитруллинемия (CT).

Для быков мы можем сделать развёрнутый тест, который включает в себя дополнительные заболевания:

• Брахиспина (BY), или Голштинский гаплотип 0 (HH0);
• Комплексный порок позвоночника (CVM);
• Синдром Элерса-Данлоса (EDS);
• Дефицит фактора XI свёртывания крови (FXI).

Это вкладка со списком всех потомков животного — как живых, так и выбывших. Потомки показывают результаты в разные годы и на разных фермах, то есть на них действуют разные эффекты, поэтому их трудно сопоставить по продуктивности. А сводная таблица с оценками потомков помогает определить реальный вклад родителя, так как оценки учитывают фиксированные эффекты.

Самую достоверную аналитику по качеству потомства можно провести по быкам, у которых много потомков. Но наша платформа позволяет оценивать и результаты потомков коров, потому что мы видим, какой потенциал передаёт каждое животное.

Сразу из этой вкладки можно перейти в карточку любого потомка.

Список потомков можно выгрузить в формате MS Excel.

Здесь находится родословная животного. Можно посмотреть предков с их оценками и перейти в карточку конкретного предка. Эти данные понадобятся для закрепления, чтобы контролировать инбридинг.

В базах данных часто записывают данные не обо всех предках быка, а только отца и мать. Мы же формируем общую агрегированную родословную, которая учитывает связь животных между собой, и выводим в сервисе три поколения, начиная с родителей. Если в нашей базе есть данные, которые позволяют дополнить или исправить родословную из СЕЛЭКСа, мы сделаем это.

В карточке животного есть ещё несколько вкладок с полезными данными: общая информация о животном, лактации, хозяйственно-полезные признаки и статусы, которые позволяют принять решение, пригодно ли животное к эмбриотрансферу. Кроме того, в отдельной вкладке можно скачать документы: паспорт животного или генетический паспорт, отчёт по подтверждению родства.

Кроме общего списка, в кабинете селекционера есть большой раздел с аналитикой, где собраны сводные данные, позволяющие увидеть общую картину по всему поголовью. Раздел «Аналитика» состоит из нескольких вкладок.

В этой вкладке находится ключевая информация о стаде. Здесь селекционер отслеживает общий генетический прогресс стада и строит стратегические планы. Данные аналитики помогают спланировать селекционную работу и оценить результаты, следить за динамикой индекса по годам, контролировать уровень инбридинга и носительства заболеваний в стаде.

Наша оценка учитывает фиксированные эффекты в виде условий содержания, то есть даёт возможность отслеживать реальный генетический прогресс стада, а не просто рост удоев за счёт неизвестных факторов. Не придётся гадать, хорошее семя купили или подтянули кормовую базу. Будет ясно видно, работает стратегия отбора или нет. Без такой оценки селекционер может не замечать изменений в стаде на протяжении нескольких лет.

Сейчас в разделе со сводной аналитикой доступны такие диаграммы:

• индекс по группам животных;
• динамика среднего индекса по стаду;
• индекс по стаду;
• подтверждение происхождения;
• найдено истинных предков;
• доля генотипированных животных;
• распределение носителей заболеваний в стаде;
• геномный инбридинг по группам животных.

График показывает среднее значение оценок животных, родившихся в каждый год.

В идеале этот график из года в год должен расти.

Если график напоминает зубья пилы, резко идёт то вверх, то вниз, — значит, есть проблемы с выбором быков. Виной тому могут быть быки иностранной оценки — они не всегда дают хороший результат. Допустим, средний удой растёт, но по отдельным годам на графике видны провалы — значит, выбор быков идёт некорректно. Если это исправить, можно получить лучший результат.

В этой вкладке находится информация о носителях болезней и хозяйственно-полезных признаков — сколько животных являются носителями и какой процент от общего числа животных в стаде они составляют.

Генетический тест — гарантия отсутствия заболеваний в стаде. Впрочем, при хорошем генетическом контроле допустимо держать в стаде носителей заболеваний. Нужно только правильно подобрать им пару, сопоставляя оценки животных и обращая внимание, на какие заболевания был протестирован бык.

Например, если в стаде есть корова — носитель HH7, то нужно следить, чтобы у быка не было HH7. Ведь бык мог тестироваться 5 лет назад, а заболевания постоянно открывают новые — тот же HH7 открыли только в 2020 году.

Динамика средней оценки за последние 6 и 12 месяцев показывает, стали ли средние оценки быков за последние полгода лучше, чем за последний год. В нормальных условиях селекционер каждый раз использует более ценных быков. Но узнать об этом можно, только используя оценку по локальной референтной базе.

Средние оценки по потомкам за определённый период позволяют сравнивать между собой быков, работавших в один период, который регулирует селекционер. Тут можно отследить, сколько потомков родилось от определённого быка и какие оценки они получили, а также посмотреть оценки матерей и понять, какой вклад они внесли в итоговую оценку потомков.

Они включают в себя продуктивность, то есть средний удой молока от одной коровы за весь период наблюдения, динамику поголовья по годам и общую сводку данных в нашей базе по стаду.

Вы получаете не просто абстрактную оценку, а полноценный рабочий инструмент для селекционера и управляющего фермой, доступный с любого устройства.

Это инструмент для работы и контроля селекционной стратегии в вашем стаде и конкретное руководство к тому, как достичь своих селекционных целей. Вы не только получите результаты оценки животных, но и поймёте, как с ними работать.

Онлайн-сервис Кситест позволяет подбирать животных, сопоставляя их друг с другом, ранжировать относительно вашего стада и закреплять. Например, индивидуально выбирать, какой бык подходит каждому животному.

Причём если семенные и аффилированные с ними компании продвигают только своих быков как самых лучших, мы оцениваем быков независимо. Так что вы сможете выбрать быков, которые лучше всего подходят именно вашему стаду.